El Consejo de Gobierno del IESALC es la instancia gerencial que, en el marco de las directrices que aprueba la Conferencia General de la UNESCO bienalmente, supervisa y ajusta el programa de trabajo del Instituto en lo atinente a su implementación y ejecución.  

El Instituto es administrado por un Consejo de Gobierno compuesto en la actualidad por nueve miembros:

• Designados por el GRULAC:

Sandra Regina Goulard Almeida (Brasil)- Ex rectora de la Universidad Federal de Minas Gerais

Vicepresidenta:
Miriam Alpizar Santana (Cuba) – Jefa de la Secretaría del Ministro de Educación Superior.

Gennesta E. Charles (Granada) – Coordinadora de Normas y Planificación Agencia Nacional de Formación de Granada

Santiago Jaime Ruíz Alvarez (Honduras) – Director de Investigación Científica, Humanística y Tecnológica (DICIHT), Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH).

Presidente:
Dameon Black (Jamaica) – Comisario y director ejecutivo de la Comisión de Educación Terciaria de Jamaica. 

Eddy Córdova Córcega (Venezuela) – Ex embajador y alto funcionario del Ministerio del Poder Popular para la Educación Universitaria.

• Designación por la Directora General de la UNESCO en consulta con los Consejos de Rectores de la Región:

Rodrigo Vidal Rojas (Chile) – Actual Rector de la Universidad de Santiago de Chile (2022-2026)

Pablo Beltrán Ayala (Ecuador) – Presidente del Consejo de Educación Superior de Ecuador

Valentina Canese Caballero (Paraguay) – Directora del Instituto Superior de Lenguas de la Facultad de Filosofía de la Universidad Nacional de Asunción.